Selon la Cour des comptes, « l’autonomie de gestion de l’Ecole navale demeure relative ».
« L’École navale, écrit la Cour en préambule à son rapport, est chargée de la formation militaire initiale des officiers de la Marine nationale ; elle est aussi un organisme d’enseignement supérieur qui dispense à une grande partie de ses élèves une formation universitaire diplômante. En 2017, le choix a été fait d’adopter le statut d’établissement public, tout en la gardant tributaire des services de soutien du ministère des armées, à l’instar de toutes les unités militaires du ministère des armées. Ce changement de statut n’a pas été suffisamment anticipé et il s’est heurté à d’importantes difficultés de mise en œuvre, dont certaines sont encore à surmonter. L’autonomie de gestion de l’École navale demeure relative. Elle peut être améliorée, afin de lui permettre d’améliorer son ancrage dans le monde de l’enseignement supérieur et de la recherche, et de développer ses activités en les finançant par des ressources propres ».
