Les corps ont été repérés par avion au milieu de morceaux de bois et de gilets de sauvetage flottant à la surface de l’eau, selon le ministre de l’Intérieur Jason Clare.
Des recherches ont été engagées dans l’espoir de récupérer des survivants, avec l’appui de 15 navires et 10 avions.
Le ministre a déploré « une nouvelle tragédie qui rappelle de façon terrible à quel point ces périples sont dangereux ».
Le bateau naufragé avait été détecté mercredi par un avion de la police des frontières avec « environ 55 personnes sur le pont, essentiellement des hommes adultes mais aussi un petit nombre de femmes et d’enfants ».
Un navire de la Marine australienne avait été envoyé jeudi sur zone afin de l’intercepter mais l’embarcation a disparu jusqu’à vendredi, lorsqu’une « coque immergée » a été localisée.
Des centaines de migrants ont péri ces dernières années dans les eaux houleuses séparant l’Indonésie de l’Australie.
Environ 25.000 d’entre eux seraient arrivés sur le territoire australien ces douze derniers mois malgré un tour de vis réglementaire qui les condamne à être envoyé dans des centres de rétention situés sur des îles isolées du Pacifique en attendant le traitement de leurs dossiers.