Les juges de la CJR, créée en 1993 (article 68-2 de la Constitution), sont quinze: trois magistrats de la Cour de cassation, six députés et six sénateurs élus par leurs pairs. Chaque juge a un suppléant.
Toute personne qui se prétend victime d’un membre du gouvernement peut porter plainte devant la « commission des requêtes » de la CJR, formée de sept hauts magistrats de la Cour de cassation, du Conseil d’Etat et de la Cour des comptes.
Cette commission peut également être saisie directement par le procureur général près la Cour de cassation.
Quand cette commission juge la plainte ou la saisine recevable, le procureur général saisit la « commission d’instruction » de la CJR, formée de trois magistrats de la Cour de cassation. A l’issue de ses investigations, ce collège prononce soit un non-lieu, soit un renvoi, rarissime, du ministre devant la CJR.
Dans le volet financier de l’affaire Karachi, les juges qui enquêtent sur un éventuel financement illicite de la campagne présidentielle d’Edouard Balladur en 1995 ne sont pas juridiquement compétents pour enquêter directement sur l’ex-Premier ministre (1993-95) et son ministre de la Défense de l’époque François Léotard. Ils ont donc demandé la saisine de la CJR, comme préconisé par le parquet de Paris.
La CJR est également saisie du volet ministériel de l’affaire Tapie. Elle a à nouveau entendu le 31 janvier Christine Lagarde. La CJR avait placé l’actuelle patronne du FMI sous le statut de témoin assisté pour son rôle en tant que ministre de l’Economie dans l’arbitrage de 2008 en faveur de Bernard Tapie pour solder le contentieux qui l’opposait au Crédit lyonnais à propos de la vente d’Adidas.
Au sujet de la vente de l’hippodrome de Compiègne, l’ancien ministre du Budget Eric Woerth est visé par une enquête de la commission d’instruction de la CJR, pour « prise illégale d’intérêts ».
La CJR avait jugé en 1999 l’ancien Premier ministre Laurent Fabius, l’ancienne ministre des Affaires sociales Georgina Dufoix et l’ancien secrétaire d’Etat à la Santé Edmond Hervé, en fonction dans les années 1980 au moment de l’affaire du sang contaminé. M. Fabius et Mme Dufoix avaient été relaxés et M. Hervé avait été condamné mais dispensé de peine.
L’ancien secrétaire d’Etat aux Handicapés de 1988 à 1993, Michel Gillibert, a été condamné en juillet 2004 à trois ans de prison avec sursis pour des détournements de fonds.
Ségolène Royal, alors ministre déléguée à la Famille, a été relaxée en 2000 dans une affaire de diffamation l’opposant à des enseignants.
L’ancien ministre de l’Intérieur Charles Pasqua a été condamné le 30 avril 2010 à un an de prison avec sursis pour des détournements de fonds au préjudice de la Sofremi, société sous tutelle de la Place Beauvau.
Les arrêts de la CJR peuvent faire l’objet d’un pourvoi en cassation.
Lors de sa campagne présidentielle, François Hollande avait promis de supprimer la CJR, estimant notamment que sa seule composition créait un doute sur son impartialité. Il avait estimé en février 2012 que les ministres, « citoyens comme les autres », devaient être jugés par des tribunaux « de droit commun ». Mais cet engagement est pour l’instant resté lettre morte.
